Wenn man ausversehen den .idea Ordner mit in seiner GIT Versionierung übernommen hat, ist es leider über die IDE PHPStorm nicht möglich, diese wieder zu entfernen.
Man kann aber einfach über die Konsole einen Befehl ausführen, der den Ordner aus dem GIT entfernt und lokal weiter behält (kein löschen der mühsam eingerichteten Einstellungen!).
git rm --cached -r -f .idea/
Danach sollte in der .gitignore der Ordner eingetragen werden:
/.idea